I lavori terminati dopo circa 25 anni, nel 1583, furono inaugurati dal Vescovo di Lecce Annibale Saracino alla presenza del Clero e di un popolo festante che nell’occasione partecipò anche alla solenne Celebrazione Eucaristica presieduta dall’alto prelato.

Nel corso degli anni la chiesa è stata interessata ripetutamente da importanti restauri e numerose modifiche. L’ultimo intervento risale al 1954, così come si evince da un’iscrizione posta sull’architrave del portale d’ingresso. Durante l’esecuzione di quest’ultimi lavori vennero abbattuti i fabbricati adiacenti alla facciata principale che furono ricostruiti successivamente sul versante occidentale del complesso. Alcune statue in pietra, poste sulle facciate, furono tolte.

L’interno della chiesa, a tre navate, fu interamente dipinto, dal 1940 al1945, con affreschi che riecheggiano lo stile tardo – rinascimentale, dal pittore trepuzzino Leonardo Perrone con l’aiuto di un altro pittore, Antonio Valzano. L’intervento artistico dei due pare sia avvenuto in questo modo: Leonardo Perrone tracciava il disegno sul muro con una punta e successivamente il giovane Antonio Valzano provvedeva alla colorazione. Gli ultimi ritocchi venivano comunque eseguiti dal Perrone.

La scelta delle scene rappresentate dai due artisti avvenne sotto la direzione di Padre Bernardino Patera. Sulla volta della navata centrale, vennero raffigurati quattro Evangelisti in dei piccoli cerchi, mentre lungo gli archi vennero rappresentati i Profeti e due Sibille, figure che ricordano le scene michelangiolesche della Cappella Sistina.

Le altre scene ricordano la Vita e la Passione di Cristo. Tra le tante ricordiamo la Fuga in Egitto, la Nascita di Maria, lo Sposalizio della Vergine, la Presentazione di Maria al Tempio, la Circoncisione, la Natività e la Sacra Famiglia.

La parete retrostante l’Altare Maggiore è dominata dalla figura della Madonna delle Grazie.  La Vergine è rappresentata seduta in trono che allatta Gesù Bambino. Ai suoi piedi due francescani: San Bernardino da Siena e il Beato Giovanni Duns Scoto. Ai lati dell’affresco due scene del Vecchio Testamento: Giuditta e Oloferne ed Ester e Assuero. Sulla volta del presbiterio è dipinta la Santissima Trinità.

Vogliamo soffermarci sull’immagine del Beato Giovanni Duns Scoto che regge tra le mani una scritta: POTUIT – DECUIT – ERGO – FECIT (Dogma dell’Immacolata).

Giovanni Duns Scoto, conosciuto anche con l'epiteto di Doctor Subtilis (Duns, 1265/1266 – Colonia, 8 novembre 1308), filosofo e teologo scozzese francescano, viene ricordato perché seppe superare la principale obiezione all’esenzione di Maria Santissima dal peccato originale, fin dall’istante del concepimento. Vi riuscì con argomentazioni considerate geniali. Tutto il pensiero di Duns Scoto è permeato della spiritualità di San Francesco, con il suo straordinario amore verso la persona e l’umanità del verbo e, soprattutto, la tenera e filiale devozione alla Vergine Maria.

Il dogma dell’Immacolata Concezione fu solennemente proclamato dal Beato Pio IX soltanto nel 1854, l’8 dicembre Festa dell’Immacolata, dopo secoli di devozione popolare, dispute e approfondimenti teologici.

C’è da pensare che se al francescano è stata riservata nella chiesa una posizione così strategica di certo il buon Padre Bernardino Patera, che ha commissionato e diretto i lavori del convento negli anni ’40, avrà avuto una forte devozione nella Madonna Immacolata e grande riconoscenza in Giovanni Duns Scoto, personaggio straordinario che ha saputo dare alla storia millenaria della Chiesa Cattolica un contributo teologico risolutivo con le sue tesi mariologiche mai più superate.

Nel 1966, in occasione del settimo centenario della nascita di Giovanni Duns Scoto, Papa Paolo VI tracciò le linee portanti dell'edificio teologico innalzato dal Beato con la lettera scritta in occasione del Secondo Congresso della Scolastica a Oxford e a Edimburgo.

Giovanni Duns Scoto, ricordato da molti come il “dottore dell’Immacolata”, fu beatificato da Papa Giovanni Paolo II il 20 marzo 1993. A distanza di 713 anni dalla morte non è stato ancora proclamato santo.